Os ecossistemas naturais são responsáveis pela manutenção do equilíbrio ecológico do planeta, e conseqüentemente pela nossa qualidade de vida. Porém, todos os anos são destruídos milhões de hectares de áreas naturais, contribuindo para a extinção de centenas de espécies animais e vegetais e comprometendo a existência de nossa própria espécie.
Para reverter essa situação, a União Internacional para a Conservação da Natureza - IUCN recomenda que 10% dos ecossistemas de cada país sejam preservados através da criação de Unidades de Conservação.
O Oeste baiano é uma das poucas regiões do Brasil que ainda apresenta áreas de Cerrado bem preservadas, por isso a criação de Unidades de Conservação é fundamental para garantir que este bioma tão importante não desapareça.
No entanto, a proteção dos ecossistemas nativos e espécies de interesse para a conservação, como as espécies ameaçadas de extinção e espécies endêmicas, não tem sido adequadamente realizada na região. Somente 0,42% dos cerrados do Oeste da Bahia estão protegidos por algum tipo de unidade de conservação.
As unidades de conservação de proteção integral que asseguram de maneira mais efetiva a proteção da biodiversidade e representam apenas 0,38% da região. Apenas duas unidades de conservação de proteção integral foram criadas especificamente para proteger espécies e ecossistemas da região: o Refúgio de Vida Silvestre Veredas do Oeste Baiano com aproximadamente 128.000 e a Estação Ecológica Estadual do Rio Preto, com cerca de 4.500 hectares.
Com a falta de reservas dedicadas à manutenção da biodiversidade regionais, espécies como o pato-mergulhão (Mergus octosetaceus - espécie criticamente ameaçada de extinção) a arara-azul-grande (Anodorhynchus hyacinthinus – espécie ameaçada -vulnerável), ou mesmo as áreas de chapadas, tão pressionadas pela expansão do agronegócio, poderão desaparecer antes mesmo de serem estudadas e caracterizadas sob o ponto de vista da biodiversidade.
A ocorrência de tais espécies é ainda bastante desconhecida pela ciência, pois pouquíssimas localidades foram inventariadas na região. Registros confirmados de espécies ameaçadas existem tão somente para três localidades no Oeste baiano. Mesmo para outros grupos faunísticos os inventários biológicos são bastante raros, conforme demonstra a compilação realizada durante os preparativos para o Zoneamento Ecológico Econômico do estado da Bahia.
Desde 2004 as ONGs Conservação Internacional - Brasil e o Instituto Bioeste têm trabalhado em conjunto para o desenvolvimento diagnósticos ambientais, aumento da proteção da biodiversidade e também para a melhoria das relações sociais da região.
Do ponto de vista de planejamento interno, a região do Oeste da Bahia, em especial a sua porção norte próxima à divisa com o Piauí e Tocantins (região do Jalapão), é tratada como “Corredor de Conservação da Biodiversidade Jalapão – Oeste da Bahia”.